Одной из важнейших проблем являются природные условия региона. Рельеф региона является как положительным, так и отрицательным фактором: с одной стороны, горный рельеф, преобладающий на всей исследуемой территории, привлекает большое количество туристов, предпочитающих активный отдых; с другой, он же выступает ограничивающим фактором в формировании и развитии геокаркаса территории, осей его развития - железнодорожных, автомобильных дорог, аэропортов. Формирование геокаркаса территории играет немаловажное значение для сферы туризма, т.к. он соединяет в себе его основные элементы (ареалы, ядра, оси и локусы) и, тем самым, способствует развитию рекреации и туризма, а также формированию территориально-рекреационных комплексов.
Горный рельеф не только значительно ограничивает развитие транспортной сети, он и в несколько раз удорожает строительство дорог, вокзалов, аэропортов, а на некоторых участках делает его вообще невозможным. На территории региона распространено четыре вида транспорта: железнодорожный, автомобильный, авиационный и водный. Развитие железнодорожного транспорта играет большое значение, ведь это относительно недорогой вид транспорта и позволяет доставить большое число туристов-рекреантов.
Севернее Алтае-Саянского региона проходит крупнейшая ж/д мира - Транссибирская магистраль, которая тянется из западной части страны, а значит именно с ее помощью в регион могут поступать потоки туристов.
От Транссибирской магистрали в меридиональном направлении на юг также тянутся ж/д линии, такие как «Рубцовск - Шемонаиха» (уходит в Казахстан), тупиковая ветвь близ города Бийска, ветки от Томска и Новосибирска до г. Таштагол, от Новокузнецка до г. Абаза через г. Абакан, Абакан-Ачинск. Благодаря ж/д линиям на горные территории осуществляется доставка туристов. Однако на территории Хакасии и Республики Алтай ж/д линии отсутствуют [21].