Войти в мой кабинет
Регистрация
ГОТОВЫЕ РАБОТЫ / ДИПЛОМНАЯ РАБОТА, БИОТЕХНОЛОГИЯ

Структура доменов семейства ферментов SRC киназ

ad.paronyan1998 1200 руб. КУПИТЬ ЭТУ РАБОТУ
Страниц: 37 Заказ написания работы может стоить дешевле
Оригинальность: неизвестно После покупки вы можете повысить уникальность этой работы до 80-100% с помощью сервиса
Размещено: 15.02.2020
Работа по биоинформатике, в ходе которой был проведен анализ структуры доменной организации тирозинкиназ и их канцерогенной активности. При защите была получена оценка 98 из 100
Введение

Тирозинкиназы катализируют перенос фосфата от АТР на тирозиновый остаток специфических клеточных белков-мишеней. Семейство тирозин-специфических протеинкиназ относится к ката-литическим белкам-рецепторам, однократно пронизывающим мембрану. Каталитический домен находится с внутренней стороны плазматической мембраны. При связывании лиганда они активи-руются и переносят фосфатную группу от АТР на гидроксильную группу тирозинового остатка в определенных белках. Понятие онкогена и протоонкогена. Онкогенами называют те гены, которые вызывают развитие опухолей. Вирусные онкогены сначала были обнаружены у онкогенных вирусов. Клеточные онко-гены, так называемые протоонкогены, являются почти точными копиями (гомологами) вирусных онкогенов. Кодируемые такими генами белки принимают участие в регуляции процессов роста и дифференцировки, в особенности клеточной пролиферации. А неросредственный контроль за функционированием этих генов осуществляется генами-онкосупрессорами. Протоонкогены при-обретают свойства онкогенов за счет мутации, делении, суперэкспрессии, т. е. они могут вызывать развитие опухоли, если одновременно нарушена регуляция со стороны генов-супрессоров.
Содержание

Введение 3-5 Глава 1. Литературный обзор 6-7 1.1 Данные и исследования механизмов работы SFK 6-12 1.2 Представители SFK 13-16 1.3 Цели и задачи 17 Глава 2. Материалы и методы для поиска консервативных доменов, их структуры и оранизации 18-19 Глава 3. Результаты и обсуждение 20-34 3.1 Общее представление и первичный анализ 20-29 3.2 Домены SH3, SH2, структура и функции 30-34 Заключение 35 Список использованных источников 36-37
Список литературы

1. Албертс Б. и др. Молекулярная биология клетки. — Т. I, II, III. — М.: Мир, 1994 2. Майборода А.А. Молекулярно-генетические основы онкогенеза. // 3. Ahn S., Maudsley S., Luttrell L, Lefkowitz R., Daaka Y. 1999. Scr-mediated tyrosine phosphory-lation of dynamin is required for (^-adrenergic receptor internalization and mitogen-activated pro-tein kinase signaling. J. Biol 4. Carpenter G. 1992. Receptor tyrosine kinase substrates: src homology domains and signal trans-duction. FASEB J. 6: 3283-3289. 5. Activation of Src family tyrosine kinases by ferric ions 6. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics, Volume 1844, Issue 3, March 2014 7. Damage to lens fiber cells causes TRPV4-dependent Src family kinase activation in the epithe-lium 8. Experimental Eye Research, Volume 140, November 2015 9. Individual Src-family tyrosine kinases direct the degradation or protection of the clock protein Timeless via differential ubiquitylation Cellular Signalling, Volume 25, Issue 4, April 2013, Pages 860-866 10. Linda P. O'Reilly, Xiong Zhang, Thomas E. Smithgall 11. Cooperative activation of Src family kinases by SH3 and SH2 ligands Cancer Letters, Volume 257, Issue 1, 8 November 2007, Pages 116-123 Shalini S. Yadav, W. Todd Miller 12. The role of Src family kinases in egg activation Developmental Biology, Volume 312, Issue 1, 1 December 2007, Pages 77-89 Tomashov-Matar Reut, Levi Mattan 13. Tau and src family tyrosine kinases Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, Volume 1739, Issues 2–3, 3 January 2005, Pages 323-330 Gloria Lee 14. Regulation of pannexin channels in the central nervous system by Src family kinases Neurosci-ence Letters, Volume 695, 16 March 2019, Pages 65-70 Alexander W. Lohman, Nicholas L. Weilinger 15. Src family kinases (SFKs) and cell polarity in the testis Seminars in Cell & Developmental Biol-ogy, Volume 81, September 2018, Pages 46-53 Xiang Xiao, Ya Ni, Chenhuan Yu 16. Src Family Tyrosine Kinases Reference Module in Life Sciences, 2017 M. C. Frame, R. Roskoski 17. Src Family of Protein Tyrosine Kinases Encyclopedia of Biological Chemistry, 2013, Pages 293-297 J. A. Cooper 18. Src family kinases: Regulation of their activities, levels and identification of new pathways 19. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics, Volume 1784, Issue 1, January 2008, Pages 56-65 Evan Ingley 20. Ali DW, Salter MW (June 2001). “NMDA receptor regulation by Src kinase signalling in excita-tory synaptic transmission and plasticity”. Curr. Opin. Neurobiol. 11 (3): 336—42. PMID 11399432. 21. Arnaud L, Ballif BA, Forster E, Cooper JA (January 2003). “Fyn tyrosine kinase is a critical regu-lator of disabled-1 during brain development”. Curr. Biol. 13 (1): 9—17. PMID 12526739. 22. Regulation of the Src Family Kinases by Csk Masato Okada 23. Targeting SH2 domains in breast cancer Article in Future medicinal chemistry · November 2014 Fredika M Robertson University of Texas MD A 24. Burke TR. Development of Grb2 SH2 domain signaling antagonists: a potential new class of anti-proliferative agents. Int. J. Pept. Res. Ther. 12(1), 33–48 (2006) 25. Hydrophobic Interaction between the SH2 Domain and the Kinase Domain Is Required for the Activation of Csk Esa T. Mikkola and Carl G. Gahmberg 26. Fusion protein based on Grb2-SH2 domain for cancer therapy Yuriko Saito, Takako Furukawa 27. SH2 domains, interaction modules and cellular wiring Tony Pawson, Gerald D. Gish and Piers Nash 28. Bae JH, Lew ED, Yuzawa S, et al. (2009) The selectivity of receptor tyrosine kinase signaling is controlled by a secondary SH2 domain binding site. Cell 138: 514–524 29. Bartelt, R.R., Light, J., Vacaflores, A., et al., 2015. Regions outside of conserved PxxPxR motifs drive the high affinity interaction of GRB2 with SH3 domain ligands. Biochimica et Biophysica Acta 1853, 2560–2569. 30. SH2 and SH3 domains T. Pawson and J. Schlessingert 31. Информация из веб-ресурса UniProt 32. http://medbiol.ru/ 33. http://supfam.org 34. https://globe.jpostdb.org 35. https://www.proteomicsdb.org 36. http://pfam.xfam.org 37. https://smart.embl.de 38. https://prosite.expasy.org
Отрывок из работы

Разработка классификации доменных SFK включала три этапа: 1. предварительное распределение исследуемых белков, поиск в базе данных их последовательно-сти 2. характеристика доменной организации исследуемых белков; 3. объединение данных филогенетического и структурного анализа. Критериями разделения исследуемых белков на подсемейства служили: - показатель идентичности, получаемый при парном и множественном выравнивании аминокис-лотных последовательностей белков; - распределение белков на эволюционные кластеры на филогенетическом дереве домена. Для поиска последовальности была использована база данныхUniProt (https://www.uniprot.org) Ис-пользовалась именно она, потому что именна эта база данных курьируема и содержит больше проверенной информации. Доменный анализ. Данный этап проводился с использованием базданных консервативных доме-нов NCBI CDD (http://ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au/Structure/cdd/cdd.shtml), Pfam (http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/) и SMART (http://smart.emblheidel-berg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1). Также использовался инструмент для поиска схожх последовательностей для доменов, чтобы найти разнообразные белки, в состав которых сходит данная последовательность (домен) DELTA-BLAST (Domain Enhanced Lookup Time Accelerated BLAST) с параметрами: · Матрица BLOSUM62 · Gap costs Existence: 11 Extension: 1 (по умолчанию) · Также был увеличен показатель max target sequences до 1000 (сделано это по той причине, потому что из семейства киназ, некоторые из них длиной больше 500 и следовательно, воз-можно, что последовательности других длиннее 500) Для поиска непосредственных доменов использовались онлайн программы CD BLAST search (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi) и CDART BLAST (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/lexington/lexington.cgi?cmd=rps).
Не смогли найти подходящую работу?
Вы можете заказать учебную работу от 100 рублей у наших авторов.
Оформите заказ и авторы начнут откликаться уже через 5 мин!
Похожие работы
Дипломная работа, Биотехнология, 92 страницы
990 руб.
Дипломная работа, Биотехнология, 87 страниц
750 руб.
Дипломная работа, Биотехнология, 72 страницы
650 руб.
Служба поддержки сервиса
+7(499)346-70-08
Принимаем к оплате
Способы оплаты
© «Препод24»

Все права защищены

Разработка движка сайта

/slider/1.jpg /slider/2.jpg /slider/3.jpg /slider/4.jpg /slider/5.jpg